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服务介绍

DNA甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分,在人的胚胎发育、基因表达调控、X染色体失活、衰老以及许多人类疾病(如发育畸形、癌症、糖尿病和神经心理失调等)发生过程中发挥重要作用。DNA甲基化是在DNA甲基化转移(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5' 端的胞嘧啶转变为5' 甲基胞嘧啶,在基因组的某些区域中,通常位于基因的启动子区或是第一个外显子区,CpG序列密度很高,可以达均值的5倍以上。
常用的检测目标片段甲基化的方法是BSP,这种检测甲基化的方法可靠,且能确定目的片段中每一个CpG位点的甲基化程度,属于定量检测甲基化的方法,但是需要大量克隆,常做10个克隆的测序,一般对于甲基化程度低于10%的情况,克隆数量需要更多,费用和时间大大增加,所以BSP测序法有一定的局限性。本公司新推出一种将BSP和高通量测序结合起来的方法,具有一次性读取数据量大的优点,从而能够一次性更精确检测目的片段中CpG位点的甲基化率,能精确测定1%的甲基化程度,即NGS甲基化检测服务。

主要流程

基因组DNA提取 DNA亚硫酸氢盐处理 PCR NGS测序 数据分析

客户提供

  • 提供样品

    血液样品:样品为EDTA 抗凝或枸椽酸钠抗凝,样品量大于0.5 ml,样品采集后于-20°C或-80°C保存;

    组织样品:样品可以为新鲜组织(最好-80°C保存)或石蜡包埋的组织,也可以是95%乙醇中固定的组织,组织量大于100 mg

  • 提供信息

    填写官网www.sangon.com客户专区下的下载中心中《基因甲基化位点检测服务订单》,务必提供详细的基因信息(序列或NCBI 登录号)。

最终交付

实验报告、原始图片、原始数据。

联系方式

电话:021-57072091 邮箱: service2@sangon.com

案例

项目:

客户提供10个组织样本,要求对其提供的*基因启动子区域的一个片段进行甲基化定量检测。

方案:

  • 选择B518251 柱式动物基因组 DNA 抽提试剂盒,进行基因组DNA的提取;
  • 对基因组DNA进行亚硫酸氢盐处理;
  • 针对客户提供的目的序列设计并合成引物;
  • 带有index的引物和DNA样本加入到配置好的体系中扩增;
  • 所有PCR产物等量混合;
  • 在IlluminaHiseq平台测序进行高通量测序,获得FastQ数据。

结果:

图1甲基化检测点状图

每行代表一个样本,每个原点代表一个位点的甲基化情况,黑色是甲基化,白色是未甲基化。第一行数字代表CpG位点位置,百分数代表对应CpG位点的甲基化率。

图2 甲基化检测热图

颜色深浅代表甲基化率高低,颜色越深甲基化程度越高,横向文本指样本,纵向代表CpG位点位置。

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